Использую следующую методику: на фото видно, как фреза подводится к кнопке (самодельный пульт управления). Опускаю смело фрезу и она жмет кнопку. Как только контакты кнопки сработали (кнопка работает как концевик) - больше фреза вниз не пойдет. Оставшееся расстояние и будет величина, на которую нужно уменьшить высоту по оси Z. Эта величина неизменная. Таким образом, меняя новую заготовку, можно устанавливать ось Z в ноль.